Análisis de Imágenes de Electroforesis

Descripción

Este paquete en Python permite el análisis de imágenes de electroforesis en gel, proporcionando herramientas para:

• Detección automática de bandas incluso en condiciones de bajo contraste.
• Identificación del marcador de peso molecular y ajuste de curvas en base a su distribución de bandas.
• Identificación de carriles y asignación automática del peso molecular aproximado de cada banda.
• Construcción automática de dataframes para análisis masivo de datos de imagen de geles de electroforesis.

Paquete y módulo

El paquete band_analysis está compuesto por el módulo llamado EG_analysis, que contiene todas las funciones necesarias para el análisis.

Funciones principales

• interactive_image: función para generar una matriz interactiva que muestre el peso molecular aproximado de bandas seleccionadas con el ratón.
• excel_band_results: función para generar un dataframe y archivo en excel con el peso molecular aproximado de cada banda, en cada uno de los carriles identificados.
• get_exp_ladder: función para obtener las coordenadas en el eje vertical de las bandas del marcador de peso molecular.
• get_band_info: función para agrupar pixeles pertenecientes a una misma banda y contar el número total de estas.
• get_calib_param: función para realizar una regresión cuadrática a partir de la distribución de bandas en el marcador de peso molecular.
• assign_mol_wei: función para marcar cada banda con su peso molecular aproximado.

En el repositorio se incluye el archivo documentation.md, que aporta una descripción breve de cada función, así como de sus variables de entrada y salida.

Instalación y uso

Para instalar el paquete con pip:

pip install band_analysis

• En caso de no poder hacer la instalación mediante pip, deberá descargarse el módulo EG_analysis.py y colocarlo en el mismo directorio que el script desde el cual deseas ejecutarlo.
• Se recomienda instalar el paquete en un entorno virtual para evitar conflictos de versiones, ya que al instalar band_analysis mediante pip, automáticamente se descargará la versión 1.26.4 de NumPy.
• El código puede probarse con la imagen del gel subida al repositorio llamada electro_gel_test.png, que tiene bandas en el marcador de peso molecular con los siguientes pesos: 1200, 1000, 900, 800, 700, 600, 500, 400 y 300 bp.

Ejemplo básico de uso:

from band_analysis import EG_Analysis as eg

ruta_imagen = "ruta/al/archivo.png"
imagen_PAGE = eg.open_cv2_image(ruta_imagen, escala_grises=False)
ladder = [1200,1000,900,800,700,600,500,400,300]
eg.interactive_image(imagen_PAGE, ladder)

Requisitos

Este paquete requiere las siguientes dependencias:

• Python 3.8+

• OpenCV

• NumPy

• SciPy

• Matplotlib

Para instalarlas:

pip install -r requirements.txt

Contribuciones

Las contribuciones son bienvenidas. Para contribuir:

1. Haz un fork del repositorio.

2. Crea una nueva rama (git checkout -b nueva-funcionalidad).

3. Realiza tus cambios y haz commit (git commit -m "Descripción del cambio").

4. Envía un pull request.

Licencia

Este proyecto está bajo la licencia MIT.

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Este paquete facilita la automatización del análisis de geles de electroforesis, asegurando precisión en la detección de bandas y asignación de pesos moleculares. ¡Esperamos que sea de utilidad!