Ce repertoire github à pour but de partager mes recherches et documentions durant mon stage en Bio-Informatique. De cet façon la majorité des informations recupérées seront sur la biologie cellulaire, la génétique, ainsi que sur des méthods d'analyse qu'elles soientt informatiques ou experiementales.
Les fichiers présent sont triés par thème :
- Biology single cell ATAC-seq --> vocabulaire issu de la biologie sur l'analyse de cellule grâce à la méthode ATAC-seq
- Computer science single cell ATAC-seq --> vocabulaire issu des mathématiques et informatique sur comment est faite l'analyse de données.
- CisTopic --> Notes sur le fonctionnement de la méthode
- SnapATAC --> Notes sur le fonctionnement de la méthode
- Cusanovich2018 --> Notes sur le fonctionnement de la méthode
- Ressources --> Tous les articles et sites utilisé durant la recherche
La mise en page de chaque fichiers se fera sous la forme suivante :
[nom à définir] (lien vers une définition) : "extrait de la définition \n"
exemple :
ATAC-seq : L'acronyme ATAC-seq vient de l'anglais Assay for Transposase-Accessible Chromatin with highthroughput sequencing. Il s'agit d'une technique utilisée en biologie moléculaire pour caractériser les régions accessibles de la chromatine ainsi que dans une moindre mesure le positionnement nucléosomal autour de celles-ci. Cette méthode fut en premier décrite en 2013
Les liens des définitions ne seront pas dans Ressources. Seul se trouvera les lien vers les articles interessant dans la recherche sur l'analyse informatique des données issue de séquençage unicellulaire. Aussi les liens serant soit en anglais soit en francais selon les informations trouvés. Toute fois la majorité sera en Anglais (la recherche le veut).